若是原水含鹽量高，建議采用雙極RO反滲透設備作為預除鹽，其電導率保持在1～3μS/cm為最佳;進水CO2含量高，建議采用脫氣膜或脫氣塔將CO2去除。pH偏離中性太多，采用pH調節，使EDI進水pH值在7～8即可。在接觸空氣過程中，高純水中溶入的二氧化碳氣體致使電導率上升。因此，高純水的電導率應在線密閉條件下進行檢測。

工作電流增大，產水水質不斷變好。但如果在增至最高點后再增加電流，由于水電離產生的H+和OH-離子量過多，除用于再生樹脂外，大量富余離子充當載流離子導電，同時由于大量載流離子移動過程中發生積累和堵塞，甚至發生反擴散，結果使產水水質下降。

EDI系統進水CO2含量高，如果CO2含量大于10ppm，EDI系統就不能制備高純水了。

EDI系統運行中的鐵污染，是造成其產水電阻進行性下降的主要原因之。如果在原水和預處理系統中，采用普通鋼管，沒有進行內部防腐處理，會造成系統內鐵含量增高，鐵被腐蝕后，溶解在水中大都以Fe(OH)2的形式存在，并進一步氧化，變成Fe(OH)3。Fe(OH)2是膠態物質，Fe(OH)3是懸浮狀態。樹脂對鐵的親和力強，被樹脂吸附后，會造成不可逆反應。在陰、陽離子交換水處理中，陰、陽床會經過再生或清洗，可把樹脂內的鐵大部分除去。但在EDI設備的運行中，則沒有再生和清洗，水中的微量鐵元素便會在陰、陽樹脂和陰、陽膜上黏附。鐵的導電性能強，還來不及與陽離子樹脂反應，便被EDI組件內靠近陰膜水中，在大電流的作用下向陽膜遷移。單純的鐵離子易于穿透，而膠狀物的鐵化合物則不易穿透陽膜，便被吸附在陽膜表面，污染陰、陽膜，最終導致EDI組件的工作性能下降，產水質量差，電阻值呈現進行性降低。

反滲透edi純水設備進水中有機物膠體污染，反滲透只能去除相對分子量大于200的有機物膠體。低于200分子量的便進入EDI系統。這部分低分子量的物質便被組件內的陰、陽離子交換樹脂吸附在骨架的網孔上和陰、陽膜的表面上，阻礙陰、陽離子的置換反應和水中離子穿透陰、陽膜的速度，從而造成EDI工作性能下降，產水的電阻率下降。